分子蒸餾設備在進行使用時其蒸餾溫度低且產品是在遠低于沸點的溫度下進行操作，分子蒸餾只要存在溫度差就會可以達到分離的目的，分子蒸餾得真空度高，其內部裝置可以獲得很高的真空度，通常分子蒸餾在很低的壓強下進行操作，因此物料不易氧化受損。
       分子蒸餾的蒸餾液膜薄，整個產品的傳熱效率高，其物料的受熱時間短，受加熱的液面和加冷凝面之間的距離小于輕分子的平均自由程，所以由液面逸出的輕分子幾乎未經碰撞就達到冷凝面。因此，蒸餾物料受熱時間短，在蒸餾溫度下停留時間一般幾秒至幾十秒之間，減少了物料熱分解的機會。產品能夠有效的分離常規不易分開的物質，沒有沸騰鼓泡現象，分子蒸餾是液層表面上的自由蒸發，在低壓力下進行，液體中無溶解的空氣，因此在蒸餾過程中不能使整個液體沸騰，沒有鼓泡現象。
       分子蒸餾可得到純凈安全的產物，且操作工藝簡單，設備少。分子蒸餾技術能分離常規蒸餾不易分離的物質，分子蒸餾裝置必須保證體系壓力達到的高真空度，對材料密封要求較高，且蒸發面和冷凝面之間的距離要適中，設備加工難度大，造價高。