短程分子蒸餾作為一種多用途的技術在很多方面都有應用，在精油加工過程中就有著重要的意義。其實由于有機化學的發展，人們在對植物精油的提取、成份分析等方面都取得了很大進步。除了傳統的榨磨、水蒸汽蒸餾，溶劑浸提等方法外，一些新興的提取分離手段，其中就包括有分子蒸餾技術。
       植物精油化學成分相當復雜，其中有很多有生物活性的化學物質，這些化合物都表現出沸點低且易揮發的特點。在短程分子蒸餾技術和毛細管氣相色譜技術的應用和提高下，人們對精油的研究也越來越詳細。
       但前提是要求我們對植物精油中香味物質化學成分有所了解，這樣才能選擇正確的方法進行提純和加工，結果發現大多數精油中成分熱穩定性差，分子量和極性組成復雜，若是采用常規的蒸餾或溶劑法很容易造成成分損失，破壞或帶來影響感官的溶劑。這種情況下就只能采用短程分子蒸餾，它能克服以上缺陷，實現目標物質的分離。
       此外，短程分子蒸餾還可以用于合成或半合成香料物質或活性成分的提取，如從松油醇與酸的反應液中提取桉葉素，經過催化氫化；并且在氯甲基化和醚化的反應液中提取除蟲菊酯類農藥的殺蟲增效劑胡椒基丁醚等。