短程分子蒸餾設備適合于進行分子蒸餾，分子流直接從加熱表面到冷凝器的表面并不是簡單的一個步驟。一般來說，液相擴散速率是控制分子蒸餾速度的主要因素，因此應減小液體層的厚度，加強液體層的流動。蒸發速率隨溫度的升高而升高，但分離系數有時隨溫度的升高而降低。因此，應根據加工材料的熱穩定性選擇經濟合理的蒸餾溫度。蒸汽分子在向冷凝表面蒸發的過程中可能相互碰撞，并可能與留在兩側的空氣分子發生碰撞。

       由于蒸發分子比空氣分子重得多，并且它們大部分具有相同的運動方向，它們自身的碰撞對飛行方向和蒸發速率基本沒有影響。殘余分子在兩側都處于混沌運動狀態，因此殘余分子的數量是影響蒸發方向和速度的主要因素。只要冷熱兩側有充足的溫差，冷凝表面是合理的，光滑的，可以認為冷凝步驟可以很快完成，因此選擇合理的形式是很重要的。短程分子蒸餾設備在沸騰的薄膜和冷凝面之間的壓差是蒸汽流向的驅動力，在進行使用時對微小的壓力將引起蒸汽的流動。

       在進行蒸餾的過程中，其物料是從短程分子蒸餾設備的頂部加入的，在進行使用時會經過其轉子上的料液分布器將其連續均勻的分布在加熱面上，隨即刮膜器將料液刮成一層很薄、呈湍流狀的液膜。

       并以螺旋狀向下推進，從加熱面上逸出的輕分子，經過短的路線和基本未經碰撞到內置冷凝器上冷凝成液，并沿冷凝器管流下，通過位于短程分子蒸餾設備底部的出料管排出;殘液即重分子在加熱區下的圓形通道中收集，再通過側面的出料管中流出。